Ressources Pédagogiques

Cette page est destinée aux étudiants de l’Université de Cergy Pontoise inscrits dans les formations du département de Biologie. Vous trouverez ci-dessous quelques ressources pédagogiques utiles pour compléter les TD/TP encadrés par des membres de notre laboratoire.

[box type= »info »]Les images, photos, textes… mis à disposition sont la propriété du laboratoire. Ils ne peuvent être réutilisés, modifiés… sans accord de leur auteur.[/box]

TD Analyse d’Images Rémy Agniel 2016-2017

icone fichierclsmFichiers images pour le TD

[ilink url= »http://errmece.u-cergy.fr/ressources/ImagesTP.zip » style= »download »]Images démo à télécharger pour le TD[/ilink]

[ilink style= »note »]Important[/ilink] Décompresser le fichier sur le bureau de votre PC, ces images serviront de base de travail pour le TD

[ilink url= »http://errmece.u-cergy.fr/ressources/A549.lsm » style= »download »]Images supplémentaires[/ilink]

 

fijiLogiciel ImageJ distribution « Fiji »

[ilink url= »http://fiji.sc/Downloads » style= »download »]Lien vers la page Téléchargement officielle[/ilink]

La référence des logiciels libres pour le traitement d’image, il ouvre tous les formats de fichier, la version fiji est développée pour des applications d’analyse d’image en sciences du vivant. Vous trouverez beaucoup de tutoriels sur le web.

java[ilink style= »note »]Important[/ilink] Choisir la version de votre OS, attention à ne pas vous tromper entre les versions 32 bits ou 64 bits, si vous ne connaissez pas cette information pour votre OS choisissez la version 32 bits. Une notice détaillant l’installation est consultable sur les pages suivantes : Windows, MacOS, Linux

ImageJ fonctionne grâce au logiciel gratuit Java (version 6 ou ultèrieure). Ce logiciel est téléchargeable sur cette page.

 

icon_cubes

Greffons (Plugins) utilisés pendant le TD

[ilink url= »http://errmece.u-cergy.fr/ressources/Plugins.zip » style= »download »]Greffons à télécharger pour le TD[/ilink]

[ilink style= »note »]Important[/ilink] Décompresser le fichier, copier/coller les 3 greffons dans le répertoire « plugins » présent dans le dossier fiji préalablement décompressé.

 

Autres ressources utiles pour les TP utilisant la microscopie confocale

mzl.sbfbbuctLogiciel Zen de Carl Zeiss version « lite »

[ilink url= »http://errmece.u-cergy.fr/Imat-plateforme/ressources/ZEN_2009_Light_Edition.exe » style= »download »]Télécharger Zen Lite v2009[/ilink]

  • Ce logiciel vous donne la possibilité de manipuler vos fichiers .lsm, changer les couleurs, barre d’échelle et exporter en jpeg.
  • Les fonctionnalités sont très limitées, l’ergonomie est cependant meilleure pour un utilisateur débutant.