Cette page est destinée aux étudiants de l’Université de Cergy Pontoise inscrits dans les formations du département de Biologie. Vous trouverez ci-dessous quelques ressources pédagogiques utiles pour compléter les TD/TP encadrés par des membres de notre laboratoire.
Les images, photos, textes… mis à disposition sont la propriété du laboratoire. Ils ne peuvent être réutilisés, modifiés… sans accord de leur auteur.
TD Analyse d’Images Rémy Agniel
Fichiers images pour le TD
Images démo à télécharger pour le TD
Décompresser le fichier sur le bureau de votre PC, ces images serviront de base de travail pour le TD
Logiciel ImageJ distribution « Fiji »
Lien vers la page Téléchargement officielle
La référence des logiciels libres pour le traitement d’image, il ouvre tous les formats de fichier, la version fiji est développée pour des applications d’analyse d’image en sciences du vivant. Vous trouverez beaucoup de tutoriels sur le web.
Choisir la version de votre OS, attention à ne pas vous tromper entre les versions 32 bits ou 64 bits, si vous ne connaissez pas cette information pour votre OS choisissez la version 32 bits. Une notice détaillant l’installation est consultable sur les pages suivantes : Windows, MacOS, Linux
ImageJ fonctionne grâce au logiciel gratuit Java (version 6 ou ultérieure). Ce logiciel est téléchargeable sur cette page.
Greffons (Plugins) utilisés pendant le TD
Greffons à télécharger pour le TD
Décompresser le fichier, copier/coller les 3 greffons dans le répertoire « plugins » présent dans le dossier fiji préalablement décompressé.
Autres ressources utiles pour les TP utilisant la microscopie confocale
Logiciel Zen de Carl Zeiss version « lite »
- Ce logiciel vous donne la possibilité de manipuler vos fichiers .lsm, changer les couleurs, barre d’échelle et exporter en jpeg.
- Les fonctionnalités sont très limitées, l’ergonomie est cependant meilleure pour un utilisateur débutant.